バイオインフォマティクス部門では、北海道大学大学院国際感染症学院の大学院生の研究を指導しています。当部門に所属するには、大学院国際感染症学院の博士課程に入学していただきます。博士課程の入学資格は、大学院の募集要項をご覧ください。授業はすべて英語で実施されます。大学院受験の際に、受験生の方々にTOEFLなどの外部試験の結果を提出して頂き、カリキュラムの履修と博士論文作成に十分な英語能力をもつかが判定されます。大学院への入学を希望する方は、学部・修士で培った専門知識に加えて英語の能力が必要となります。
[ 続きを読む... ]講義「データ科学を駆使した新型コロナ ウイルス感染症対策」の PDFを公開します。
[ 続きを読む... ]2021年度 情報・システム研究機構シンポジウム における招待講演「データサイエンスで病原体の変異と感染症の流行を予測する」の PDFを公開します。
[ 続きを読む... ]講演「集団遺伝学による新型コロナウイルス変異株の流行予測」の PDFを公開します。
[ 続きを読む... ]講演「話題提供：集団遺伝学を用いた変異ウイルスの流行予測」の PDFを公開します。
[ 続きを読む... ]伊藤グループでは，新型コロナウイルスの変異株の流行予測の研究に関して，解析を手伝っていただける ボランティアの学生さんを募集しております。
応募資格
応募方法
解析内容
伊藤公人
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正誤表
２０２１年６月９日（水）の厚生労働省のアドバイザリーボードで，伊藤と京都大学西浦博教授が共同で作成した日本国内のSARS-CoV-2 変異株の割合の今後の推移についての予測結果が報告されました。この予測結果の計算方法について問い合わせをいただきました。論文が閲覧可能になるまで少し時間がかかりますので，本ページで計算方法を概説します。
当該資料は，変異ウイルスの割合の推移から，従来株が一人に感染させる時に変異株は何人に感染させているかを計算し，それに基づいてアルファ株（英国株）とデルタ株（インド株）の割合が今後どのように推移するかを計算したものです。
変異ウイルスの割合の推移については，GISAIDというデータベースから２０２０年１２月１日から２０２１年５月８日までに日本で確認されたウイルス30,538株のゲノム情報を取得し，何月何日にどの変異株が何株確認されたかという情報を元データとして使っています。 これらのゲノムデータのほとんどは国立感染症研究所と都道府県の地方衛生研究所からGISAIDに登録されて公開されているものです。
ウイルスのゲノム情報は６月５日に取得した最新のものです。５月８日までの情報までに限られているのは，ウイルスゲノムの解読と登録には多くの時間・労力・お金がかかるためとお考えいただければ幸いです。
なお，本研究は日本医療研究開発機構（AMED）の新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業（課題番号20fk0108535h0001）および文部科学省の科学研究費・基盤研究（B）（課題番号21H03490）の支援を受け実施いたしております。
文責 伊藤公人
追記(2021-06-16)：論文のプレプリントが閲覧可能となりました。
追記(2021-07-08)：論文がEurosurveillanceに採録されました。